"Casa Ciencia" es un área para las ciencias, representadas a partir de modelos instrumentos y bellas muestras originales, cada una con su propio encanto e historia natural. Se presenta con énfasis y supremacía la posición geográfica de Guatemala en secciones posteriores al origen de nuestro Planeta. De la Tierra, se representan sus principales cambios, leyes naturales y procesos por los que ha pasado, sin olvidar los materiales que la forman y la fundamental "iniciación" de la vida. Más del 95% de lo mostrado son prototipos (que van desde los estados de la materia hasta réplicas de piezas del antiguo juego de ajedrez), los cuales forman parte de los momentos de esparcimiento y aprendizaje, en espacios de exhibición con enfoque histórico y/o cronológico.
La idea es establecer referencias para que el público se identifique con momentos del pasado, de modo que este factor de reconocimiento o empatía, sirva de enlace entre las bases científicas previas y posteriores al surgimiento del ser humano. Sin menospreciar a la Astronomía, Matemática, Física, Cristalografía, Química, Mineralogía, Petrología, etc., quizá la parte más sobresaliente del museo lo representen las secciones paleontológicas, pues es la más variada de Mesoamérica.
El lapso del recorrido se estima de 1 a 2 horas, dependiendo de factores como: tiempo disponible, interés y conocimientos previos del público.
Actualmente existen 2 recorridos, el de ciencias generales y el paleontológico. El primero inicia con temas astronómicos; en forma sistemática o alterna, se presentan: la historia de la matemática, física, química, cristalografía, mineralogía... a través de más de un centenar de modelos.